鉄筋二階建て（総面積314㎡）。一階には実習室、調査機器倉庫があります。実習室は最大40名の実習が可能で、実体顕微鏡と生物顕微鏡をそれぞれ30台完備するとともに、海水の常時使用が可能です。二階には事務室、センター長室、研究室１、２、３、4の各部屋があります。